Vermutlich leitet sich der Ortsname Stockheims von „stoc“ für Baumstumpf ab, was auf eine Rodungstätigkeit hinweist.
Das Dorf wird erstmals 778 urkundlich erwähnt. 788 wurde Stockheim dem Kloster Fulda übertragen und im 10. Jahrhundert kam die Gemeinde an das Hochstift Würzburg.

Im 15. Jahrhundert war Stockheim im Besitz des Würzburger Domkapitels.
Die Grafen von Henneberg, die 1583 im Mannesstamm ausstarben, besaßen hier ebenfalls eine Burg, die anstelle des heutigen Pfarrhauses stand und im 14. Jahrhundert errichtet worden sein soll.

Stockheim war einstmals mit einer Mauer und mehreren Türmen befestigt und hatte zwei feste Tor, das Obere und das Untere Tor. Zwei Mauertürme sind heute noch erhalten, ebenso Reste der Dorfmauer.  Weiter war das Dorf stolz auf seine ausgedehnte Kirchenburganlage, die heute noch in Teilen erhalten ist. Zur Befestigung Stockheims gehörten auch drei Turmhäuser, im Volksmund „Kimaten“ (Kemenaten) genannt. Sie sind heute ebenfalls noch teilweise erhalten.

Bereits 1375 wurde Stockheim, das ursprünglich zur Mutterpfarrei Mellrichstadt gehörte, eigene Pfarrei. 1683 wurde eine neue Pfarrkirche errichtet, die wiederum 1858/1860 erneuert wurde.
Ein neues Pfarrhaus wurde 1831 erstellt, die Kreuzkapelle am Ortsrand 1855 und die Armesseelenkapelle im 18. Jahrhundert.

Bedeutendster Bau in Stockheim ist neben der Pfarrkirche das Zehnt- oder Amtshaus auf dem Tanzberg, das 1615 errichtet wurde. Über einem massiv gebauten Erdgeschoss aus Bruchsteinmauerwerk erheben sich zwei Fachwerkgeschosse mit reichen Schmuckformen. Allein vier Mühlen wurden in Stockheim einst von der aus der Rhön kommenden Streu angetrieben, und zwar die Obere und die Untere Mühle, die Mittelmühle und die Schleifmühle. Aus der letztgenannten Mühle entwickelte sich Ende des 19. Jahrhunderts das Furnier- und Sägewerk AG Hermann Rothhaupt, das 1981 seinen Betrieb einstellte.

Im 18. Jahrhundert entwickelte sich zudem in dem überwiegend agrarischen geprägten Dorf ein Strumpfstrickergewerbe, das sich frankenweit einen guten Ruf erwarb.
Hier wurden die sogen. „Stoogemer Stömpf“ hergestellt - eine aus Wolle gewebte, strumpfartige Kopfbedeckung, die oben spitz zusammenlief und mit einer Quaste oder Troddel geziert war. In der Gemeinde befand sich im 19. Jahrhundert ebenfalls eine Lehrwerkstatt für Plüschweberei und eine Perlmuttknopffabrik. Nicht umsonst schrieb der Schweinfurter Journalist Johann Kaspar Bundschuh um die Wende zum 19. Jahrhundert:
„Die Einwohner Stockheimes sind ihres Fleißes im Strumpfstricken und Weben wegen berühmt.“

1898 erhielt Stockheim einen Bahnanschluss an die Strecke Mellrichstadt/Fladungen. Heute verkehrt das „Zügle“ als Museumsbahn des Freilandmuseums Fladungen. 1918 wurde die Gemeinde Stockheim an das Elektrizitätsnetz angeschlossen und besaß sogar ein eigenes Elektrizitätswerk. 1929 ereignete sich in der Ortsmitte Stockheims ein verheerender Großbrand. Rund 40 Gebäude wurden ein Raub der Flammen. Zahlreiche bauliche Maßnahmen erfolgten nach Beendigung des Zweiten Weltkriegs, der ebenso wie im Ersten Weltkrieg zahlreiche Stockheimer zum Opfer fielen.

1986 wurde in Stockheim ein neues Feuerwehrhaus mit Gemeindebauhof errichtet. 1989 wurde auch hier die deutsche Wiedervereinigung gefeiert. Seit 1945 war die Gemeinde durch die innerdeutsche Teilung Grenzland gewesen. Mit Mut und Zuversicht blickt die Gemeinde in die Zukunft

Reinhold Albert, Kreisheimatpfleger      

Aktuell zählt Stockheim 1048 Einwohner (Stand 01.12.2024)

Im Bürgeramt der Verwaltungsgemeinschaft Mellrichstadt, Haupstraße 4, ist die aktuelle Chronik über Stockheim erhältlich.